Protenix-v1 – 字节Seed团队开源的生物分子结构预测模型

 Protenix-v1是什么

Protenix-v1 是字节跳动 Seed 团队开源的生物分子结构预测模型，是首个在严格对齐 AlphaFold 3 数据截止日（2021-09-30）、模型规模和推理预算条件下，性能达到甚至超越 AF3 的完全开源模型。模型复现了 AF3 的 Inference-Time Scaling 能力，增加采样预算可带来对数线性性能提升，抗体-抗原预测 DockQ 成功率可从 36% 提升至 47.68%。模型采用双版本策略：标准版用于学术公平比较，数据扩展版（2025-06-30）面向实际药物发现场景。模型同时支持蛋白质模板、RNA MSA 等新功能，配套推出评估工具包 PXMeter 解决基准测试混乱问题。